Scooby-Doo, Shaggy, Fred, Daphne e Velma approdano a Gotham City dove incontrano Batman, Aquaman, Black Canary, Martian Manhunter, Question, Plastic Man, Catwoman, Detective Scimmietta e Harvey Bullock. La Scooby Gang e gli amici di Batman dovranno proteggere la città e sventare i diabolici piani del folle supercriminale Joker e dei suoi alleati.
