Shirou Emiya, studente del liceo, ospita a casa sua Sakura Matou, la sorellina di Shinji, un amico dal comportamento sempre più singolare. Shirou è timido e impacciato quanto Shinji è abile e risoluto. Un giorno Shirou si imbatte in un duello tra misteriose creature e la sua vita viene salvata da una ragazza. Presto verrà a conoscenza di segreti correlati alla sua infanzia, segnata dalla Guerra per il Sacro Graal, tuttora in corso.
