La storia comincia quando un attacco informatico rivela l'identità di tutti gli agenti infiltrati attivi in Gran Bretagna, ad eccezione di Johnny. Chiamato per ritirarsi, English si tuffa per primo in azione con la missione di trovare l'hacker a capo di tutto. Johnny English dovrà superare le sfide della tecnologia moderna per rendere questa missione un successo.
