Dopo il Secondo Impatto il destino di Tokyo-3, ultimo residuo di ciò che fu il Giappone, è minacciato dalla presenza dei temibili Angeli. L'esercito giapponese, dopo aver constatato la propria impotenza di fronte al nemico, consegna la sorte del mondo nelle mani della NERV e dei suoi robot biomeccanici Evangelion; come pilota di Eva01 viene designato Shinji Ikari, figlio del creatore dei robot nonché il più improbabile degli eroi.
