E’ passato ormai un anno dalla fine della guerra tra la terra e le sue colonie. Nella speranza di non dover più assistere agli orrori della guerra, le due fazioni hanno deciso di formare un nuovo governo e smantellare tutte le unità mobili utilizzate durante il conflitto, tuttavia, la pace sembra non durare a lungo a causa del rapimento di Relena organizzato dalla figlia del defunto dittatore. Come se ciò non bastasse, il pilota Nataku Wufei ha deciso di schierarsi dalla sua parte e questo costringerà i piloti dei Gundam a rimettere in funzione le loro unità per sventare questa nuova minaccia…
