Cinque anni dopo gli eventi del primo film, l'ormai quindicenne Ben Tennyson è tornato alla vita di tutti i giorni. Dopo la sua ultima avventura, Ben ha messo via una volta per tutte l'Omnitrix ed è cresciuto fino a diventare un adolescente. Ma nuova minaccia è in arrivo sulla Terra. Una strana razza di alieni, gli Highbreed, è atterrata sul pianeta con lo scopo di distruggere l'intera umanità.
